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在2095年的未來，魔法不再只是人們的想像，而是真正應用在生活上的一種科學技術，儘管如此，魔法師還是一種稀有的職業。新生入學的春天，國立魔法大學附屬第一高中，通稱「魔法科高中」，迎來了一對兄妹。哥哥是被稱為雜草、劣等生的「二科生」，而妹妹是對兄長抱有超越血親感情，被稱為花冠的優秀「一科生」。伴隨著兩人的入學，平穩的日常生活開始變得波瀾萬丈…